Przydałoby się więcej detali. Jeśli dobrze zrozumiałem pytanie i chodzi o backup serwera FTP, to uważam, że należałoby podejść do tego zagadnienia jak do backupu typowego file servera. Natomiast jeśli chodzi o sposoby przesyłania danych, to w dokumentacji można znaleźć informację, że BE nie używa wcale SFTP, posiada za to swój własny protokół przesyłu danych.